İtalya, İngiltere ve diğer Avrupa güçlerinin desteğini alan yerel aşiretler, 1991 yılında Somali’nin sosyalist hükümetini devirdiler. Merkezi hükümetin devrilmesinden sonra başkent Mogadişu’da başlayan iç savaş, hükümet alt yapısının tamamen çökmesine ve geçtiğimiz 16 yıl içinde binlerce insanın hayatını kaybetmesine neden oldu. Bu süreçte bazı komşu ülkeler ile AB ve ABD de Somali’deki kargaşayı tetiklediler. Somali’de hükümetin çökmesinden sonra seküler yerel aşiretlere bağlı milisler ülkeyi ele geçirerek kantonlara böldüler. Sadece Mogadişu’da, çoğu Etiyopya tarafından askeri gereçlerle desteklenen ve barışın sağlanması adına imzalanan antlaşmaları ihlal eden 16 hizip oluştu.

Ülkede baş gösteren kaos ortamında, toplumun eğitim, sağlık, ve diğer sosyal hizmetlerden faydalanması bazı İslami gruplar ve STK’lar aracılığıyla sağlanıyordu. İç savaş, çatışma, ölüm, hırsızlık gibi olayların yaşandığı, güvensizliğin had safhada olduğu Somali’de, yerel cemaatler İslami Şeriat Mahkemeleri’ni güvenliğin sağlanması için hakem tayin ettiler. Şeriat Mahkemeleri kısa bir sürede Somali halkının desteğini kazandı ve her cemaat kendi mıntıkasında cereyan eden suç olaylarını İslam Mahkemesi’nde çözmeye başladı. 1999’da Somali’deki 11 şeriat mahkemesinin bir araya gelmesiyle İslam Mahkemeleri Birliği (ICU) kuruldu.